深圳2009年后由市房地产权登记中心核发的62万本房产证，因核发机构不具备法定职责，被指无效，引发系列争议乃至官司。深圳市政府为此提请市人大修订《深圳经济特区房地产[简介 最新动态]登记条例》。修正案草案日前提交市五届人大常委会第十八次会议审议，草案拟授权市房地产权登记中心为法定登记机构，之前核发的房产证也追认有效。
在2009年下半年之后领取房产证的深圳业主会发现，房产证所盖印章并非以前的市规划国土部门，而是深圳市房地产权登记中心的专用印章，该中心是市规划国土委下属事业单位。而按照现行《城市房地产管理法》和《深圳经济特区房地产登记条例》规定，核发房产证的法定职责属于市规划国土委。因此，尽管市房地产权登记中心受规划国土委委托核发房产证，但没有法律上的依据，在法律上是无效的。
为此，去年8月，龙岗中心城19区华业玫瑰郡[最新消息 价格 户型 点评][最新消息 价格 户型 点评]4号楼的3位业主，将市规划国土委及市房地产权登记中心告上法庭，要求撤销现有房产证并重新核发房产证。业主们认为，事业单位不是行政机构，虽然可以接受规划国土部门委托从事登记管理工作，但应以规划国土部门名义进行，由规划国土部门对外承担责任。
深圳市政府在提请市人大修法的说明中透露，以市房地产权登记中心名义核发的房产证有62万余本，目前尚在继续发证。
市政府解释称，根据2007年实施的《物权法》第十条规定，“不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理”。为此，在2009年的机构改革中，市编办明确“市房地产权登记中心统一集中负责全市房地产权登记工作”。《物权法》规范登记主体为登记机构，使得现行《深圳经济特区房地产登记条例》与之存在较大差异，与实际操作一定程度脱节，产生了大量行政诉讼、信访，危及房地产登记公示公信力。大量业主已向法院起诉，要求确认登记中心核发的房产证无效，由规划国土部门重新核发。
根据已经提交的条例修正案草案，对原有条例第四条进行修改，规定市房地产主管部门负责对特区房地产登记工作进行指导，监督市房地产权登记中心履行职责，市房地产权登记中心负责集中统一办理特区房地产登记，这样意味着登记中心被授权作为法定登记机构。
除授权外，修正案草案还对之前市房地产权登记中心已核发的房产证的效力予以追认，这62万本房产证与更早前国土部门颁发的房产证，具有同等法律效。
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